Однако эти насосы стоят дорого и, кроме того, несмотря она их высокую надежность, легко могут быть повреждены при шопадании внутрь насоса твердых частиц. В случае предельных давлений <10^-8 Па требуемый для турбомолекулярного насоса форвакуум не может быть обеспечен стандартным ротационным насосом, и поэтому вместо него используется диффузионный. Можно использовать также комбинацию турбомолекулярного и ионного насосов. В этом случае турбомолекулярный насос откачивает основную массу газа, а ионный насос позволяет получить более низкое предельное давление

В сверхвысоковакуумных системах с малыми количествами таза ионный насос практически не имеет конкурентов. Этот насос, хотя и более дорогой по сравнению с диффузионным, не нуждается в ловушках паров масла и обладает преимуществом  скорости откачки. Поскольку вакуум, полученный с помощью ионного насоса, полностью свободен от присутствия органических веществ, лучше всего создавать форвакуум для него с помощью сорбционного насоса. К недостаткам ионного насоса, ограничивающим возможности его использования, относятся высокое содержание водорода в остаточном газе, что может быть неприемлемо в некоторых случаях, а также низкая скорость откачки инертных газов.

Кроме того, иногда недопустимо наличие магнитных полей, присущих электроразрядным насосам. Здесь также следует напомнить об ограниченной газовой емкости сорбционных насосов: на каждые 10^-3 м³ (1 л.) откачиваемого объема требуется 100 г цеолита при использовании одного насоса. Так, для вакуумной установки объемом 0,5 м³ (см. табл. 3.5) требуется 50 кг цеолита. Очевидно, что использование таких больших количеств цеолита приводит к значительным трудностям, поэтому в случае систем большого объема следует применять пару насосов — пока один откачивает (при температуре жидкого азота), второй регенерируется путем нагрева и сброса откачанного газа в атмосферу.

Получение сверхвысокого вакуума в больших вакуумных системах, таких, как имитаторы условий космического пространства, ввиду сложности их нагрева является серьезной проблемой. Эту проблему позволяют решить криогенные насосы, в особенности если они встроены непосредственно в камеру.